《空之轨迹FC》的主线剧情围绕着年轻的游击士艾斯蒂尔·布莱特和她的伙伴们展开。故事起始于王国的首都利贝尔，艾斯蒂尔的父亲是一位著名的游击士，但在一次任务中失踪。为了寻找父亲，她决定成为一名游击士，并踏上了冒险之路。

艾斯蒂尔与同伴约修亚·布莱特一同冒险。约修亚是一名神秘的青年，拥有卓越的剑术和冷静的头脑。两人共同面对各种任务，从解救被绑架的人质到调查神秘事件。随着历程的深入，他们逐渐揭开了一个庞大阴谋的真相，这与王国的安危息息相关。

主线剧情中不仅有紧张刺激的战斗，还有丰富的角色发展与情感描绘。艾斯蒂尔与约修亚之间的互动，展现了信任与理解在伙伴关系中的重要性。此外，游戏中还涉及到家族、责任、牺牲等多重主题，使得故事更加引人深思。

最终，一场决定王国命运的战斗爆发，艾斯蒂尔与约修亚等人齐心协力，面对强敌。在经历了一系列的挑战后，他们不仅披荆斩棘，更在困境中发现了彼此的内心，坚定了彼此的信念和目标。《空之轨迹FC》的故事以感人至深的方式结束，留给玩家无限的回味与思考。